Тайная корпорация «Абстерго» похищает Каллума Линча, потомка одного из самых могущественных родов, члены которого в прошлом принадлежали к братству Ассасинов. С помощью машины Анимуса, считывающей из ДНК память предков, Каллума заставляют вернуться в XV век, чтобы выйти на след яблока Эдема, спрятанного ассасинами и дающего его обладателю власть над людьми.